В 2015 году на Землю вновь нападают Ангелы, чужеродные боевые машины, отличающиеся громадными размерами и сокрушительной силой.
Единственной надеждой для спасения человечества является Евангелионы (сокр. Ева), человекоподобные боевые машины разработанные NERV, специальным отделом Организации Объединенных Наций.
Только горстка подростков, рожденных 14 лет назад, через 9 месяцев после первого появления Ангелов, могут управлять Евами.
Один из них - Икари Синдзи, отец которого является руководителем NERV.